การจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษามีบทบาทต่อการพัฒนาความเป็นเลิศทางวิชาการและการวิจัยของมหาวิทยาลัย จึงจำเป็นต้องจัดระบบการบริหารงาน ให้คล่องตัว รวดเร็ว มีความเป็นเอกภาพในการให้บริการนักศึกษา และการสนับสนุนการจัดการเรียนการสอนของสาขาวิชา มหาวิทยาลัยจึงได้ปรับปรุงระบบงานบริหารหน่วยงาน ทำหน้าที่สนับสนุนการจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษาที่กระจายอยู่ในหน่วยงานต่างๆ ให้มีความคล่องตัว รวดเร็วและมีความเป็นเอกภาพ จึงได้จัดให้มีสำนักบัณฑิตศึกษาขึ้น และให้มีการบริหารงานอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและบัณฑิตศึกษา ซึ่งรับผิดชอบงานด้านหลักสูตรและการสอนระดับบัณฑิตศึกษา การวิจัยงานบัณฑิตศึกษาและการประสานงานด้านการวิจัยและบัณฑิตศึกษากับสถาบันอุดมศึกษาและหน่วยงานอื่น ๆ ตามประกาศของมหาวิทยาลัยฯ เรื่องการจัดสายงานการบริหารในสำนักงานอธิการบดี เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม 2543
             หลังจากนั้นเป็นระยะเวลา 2 ปี สภามหาวิทยาลัยจึงได้มีประกาศจัดตั้งสำนักบัณฑิตศึกษาขึ้นในวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2545 เป็นหน่วยงานภายในที่จัดตั้ง โดยอำนาจของสภามหาวิทยาลัย และสำนักบัณฑิตศึกษาได้รับโอนงานการจัดปฐมนิเทศ และการจัดสัมมนาเสริม/เข้มชุดวิชา จากสำนักบริการการศึกษา ตั้งแต่เดือนกันยายน 2545 รับมอบงานรับสมัคร งานทะเบียน งานประเมินผล งานออกเอกสารสำคัญ จากสำนักทะเบียนและวัดผล ตั้งแต่เดือนธันวาคม 2545 และรับโอนงานพัฒนาหลักสูตรบัณฑิตศึกษา และงานอบรมเข้มเสริมประสบการณ์มหาบัณฑิต / อบรมประสบการณ์วิชาชีพ จากสำนักวิชาการ ตั้งแต่เดือนมกราคม 2546 สำนักบัณฑิตศึกษาได้ย้ายที่ทำการมาตั้งอยู่ที่ อาคารวิชาการ 3 ชั้น 2 (บริเวณที่สำนักการศึกษาต่อเนื่อง ตั้งอยู่เดิม) ตั้งแต่วันที่ 19 กุมภาพันธ์ 2546 และในวันที่ 16 พฤษภาคม 2546 จึงแต่งตั้งผู้อำนวยการสำนักบัณฑิตศึกษาคนแรกนับเป็นเวลากว่า 10 เดือนหลังจากที่ได้มีการออกประกาศจัดตั้งสำนักบัณฑิตศึกษาแล้ว
            เมื่อดำเนินการครบ 2 ปี สภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2548 เมื่อวันที่ 25 เมษายน 2548 ได้พิจารณาประเมินผลการดำเนินงาน โดยที่ประชุมมีมติรับทราบและให้มหาวิทยาลัยนำผลการประเมินไปพิจารณาดำเนินการในส่วนที่เกี่ยวข้องต่อไป ประกอบด้วย มหาวิทยาลัยได้พิจารณาเรื่อง ผลประชุมปรึกษาแนวทางการดำเนินงานสำนักบัณฑิตศึกษา และได้ผลสรุปแล้ว โดยที่ประชุมผู้บริหารมหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่6/2548 เมื่อวันที่ 12 เมษายน 2548 ได้มีมติเห็นชอบให้มีสำนักบัณฑิตศึกษา ทำหน้าที่บริหารงานและบริการการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาของมหาวิทยาลัยต่อไป
              ต่อมามหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ได้เห็นชอบให้โอนงานที่เกี่ยวกับการพัฒนาหลักสูตรและงานกิติเมธี ไปไว้ที่สำนักวิชาการ เพื่อความเหมาะสม ในการบริหารงาน และได้ปรับโครงสร้างการบริหารใหม่ โดยมอบหมายให้รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการเป็นผู้กำกับดูแลงานบัณฑิตศึกษา

เป็นผู้นำในการสนับสนุน การจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาในระบบทางไกล ที่มีคุณภาพและมาตรฐานที่เป็นสากล

สำนักบัณฑิตศึกษา เป็นหน่วยงานสนับสนุนการจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา ในระบบการศึกษาทางไกลอย่างมีคุณภาพ และได้มาตรฐาน

  1. ประสานนโยบายและแผนการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาให้บรรลุวัตถุประสงค์ของมหาวิทยาลัย
  2. ส่งเสริมมาตรฐานการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา เพื่อรองรับการประกันคุณภาพการศึกษา
  3. ให้บริการการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาที่มีคุณภาพและได้มาตรฐาน
  4. ประสาน ส่งเสริม และสนับสนุนการจัดการเรียนการสอนหลักสูตรนานาชาติ

สำนักบัณฑิตศึกษา The Office of Graduate Studies (OGS)

O (Organization First) ⇒ ความจงรักภักดีและความรักในองค์กร

G (Goal Oriented) ⇒ มุ่งผลสัมฤทธิ์ และมีจุดหมายปลายทางร่วมกัน

S (Standard) ⇒ มาตรฐาน (งานบัณฑิตศึกษาและงานบริการ)